Katedrála svatého Jana je nejvýznamnější a také nejpůsobivějším maltský kostel. Tato stavba byla dokončena v roce 1578 jako hlavní místo shromáždění pro rytíře řádu Johanitů. I když zvenčí nevypadá nijak zvlášť honosně, po vstupu dovnitř budete ze však stran obklopeni nákladnou barokní výzdobou. Stropy jsou zdobené nástěnnými malbami a podlahu pokrývají složité mozaiky. Oltáři dominuje socha znázorňující Kristův křest a malba svatého Jana Křtitele na nebesích. V postranních lodích je umístěno osm kaplí, každá náležející jiné národnostní skupině ve službách řádů Johanitů. Prohlédnout si tak můžete mimo jiné i německou, francouzskou, portugalskou a italskou kapli. Každou kapli si národ vyzdobil podle svého vkusu a nechal ji zasvětit patronovi, kterého si sám vybral.
Z katedrály svatého Jana vede vstup do katedrálního muzea. Jako první se dostanete do tzv. oratoře, což byla místnost vyčleněná pro bohoslužby a výuku noviců přijatých do řádu. Dnes v této místnosti můžete obdivovat nádhernou nástěnnou malbu od italského mistra jménem Caravaggio. Tato malba znázorňuje stětí svatého Jana a je považována za jedno z nejlepších malířových děl vůbec. V dalších místnostech muzea jsou vystavené řádové oděvy a zpěvníky z 16. století a sbírka vlámských tapisérií, vytvořená podle návrhů malíře Rubense.
